سازمان برنامه زير نظر نخستوزير و يا شخصي كه از طرف مشاراليه تعيين ميگردد اداره خواهد شد. مسؤل اداره سازمان برنامه (نخستوزير) داراي اختيارات و وظايفي است كه در قانون برنامه عمراني هفت ساله دوم كشور براي مدير عامل پيشبيني شده است.
