رئيس سازمان از بين اشخاص امين و مورد وثوق داراي تحصيلات دانشگاهي و سابقه و تجربه كافي در رشتههاي شغلي مرتبط با حوزه انرژي، توسط وزير نيرو انتخاب شده و معاون وزير نيرو است.