ماده12- وظايف و اختيارات هيئت امناء :

الف) تصويب سازمان و تشكيلات دانشگاه و آئين‌نامه‌هاي مالي و اداري كه از طرف رئيس دانشگاه پيشنهاد مي‌شود.
ب) تصويب بودجه دانشگاه و پيشنهاد طرحهاي توسعه آن به وزارتين علوم، تحقيقات و فناوري و بهداشت، درمان و آموزش پزشكي.
ج) تعيين خزانه‌دار دانشگاه و همچنين تعيين اشخاصي كه حق گشايش حسابهاي بانكي به نام دانشگاه و حق برداشت از حساب‌هاي آن را دارند و تعيين حسابرس براي دانشگاه.
د) تأييد و تصويب حساب‌ها و ترازنامه سالانه دانشگاه با توجه به گزارش حسابرسي و سپس تقديم گزارش به وزارتين علوم، تحقيقات و فناوري و بهداشت، درمان و آموزش پزشكي.
ه-) پيشنهاد رئيس دانشگاه به شوراي عالي انقلاب فرهنگي و صدور حكم توسط رئيس هيئت امناء پس از تصويب توسط شوراي عالي انقلاب فرهنگي.
تبصره - هيئت امناء پس از رسميت يافتن طبق اين اساسنامه، ظرف مدت يك ماه فرد پيشنهادي براي احراز رياست دانشگاه را به شوراي عالي انقلاب فرهنگي معرفي مي‌نمايد.
و) عزل رئيس دانشگاه.
ز) جلب كمك‌هاي مالي و امكانات.
ح) تصويب مقررات مربوط به اعضاء هيئت علمي و كاركنان اداري دانشگاه و تعرفه حقوق و دستمزد و مزايا.
تبصره – مقررات ناظر بر جذب و تبديل وضعيت هيئت علمي دانشگاه، تابع حكم مقرر در ماده 19 اين اساسنامه خواهد بود.
ط) پيشنهاد هر نوع تأسيس، توسعه يا انحلال واحدهاي دانشگاه به وزارتين علوم، تحقيقات و فناوري و بهداشت، درمان و آموزش پزشكي.
س) تنظيم آئين‌نامه مالي و معاملاتي و ارائه آن به وزارتين علوم، تحقيقات و فناوري و بهداشت، درمان و آموزش پزشكي موضوع ماده 15 كليات آئين‌نامه تأسيس مؤسسات آموزش عالي غيردولتي غيرانتفاعي.
ك) پيشنهاد ميزان شهريه دانشجويان و آئين‌نامه چگونگي دريافت آن جهت تصويب حسب مورد به وزارتين علوم، تحقيقات و فناوري و بهداشت، درمان و آموزش پزشكي.
گ) تنظيم و تصويب آئين‌نامه داخلي هيئت امناء .
ف) تصويب اخذ وام.
ل) تعيين نحوه ادارة واحدهاي توليدي دانشگاه
م) تصويب آئين‌نامه تشكيل شوراي دانشگاه.
ن) تصويب ظرفيت پذيرش دانشجويان كه از طرف رئيس دانشگاه پيشنهاد مي‌گردد.
ي) انتخاب رئيس واحدهاي مراكز استان و واحدهايي كه داراي 5000 دانشجو به بالا مي‌باشد به پيشنهاد رئيس دانشگاه و تأييد هيأت امناء و تصويب شوراي عالي انقلاب فرهنگي مي‌باشد. همچنين انتخاب رؤساي ساير واحدها به پيشنهاد رئيس دانشگاه و تأييد هيأت امناء و حسب مورد تصويب وزارتين علوم، تحقيقات و فناوري و بهداشت، درمان و آموزش پزشكي خواهد بود. صدور حكم براي مدت چهار سال توسط رئيس دانشگاه انجام مي‌شود.
تبصره1- هر نوع توسعه، ايجاد رشته جديد، ايجاد ظرفيت و ساير موارد مربوط با پيشنهاد هيأت امناء و طبق ماده 3 اين اساسنامه با تأييد وزارتين علوم، تحقيقات و فناوري و بهداشت، درمان و آموزش پزشكي مي‌باشد.
تبصره2- هيئت امناء در انجام وظايف خود، مقررات و ضوابط قانوني كشور و به ويژه مصوبات شوراي عالي انقلاب فرهنگي را رعايت خواهد كرد.
تبصره3- به منظور ارتقاء خلاقيت و مديريت كيفي دانشگاه، در هر يك از استان‌هاي كشور هيأت امناي استاني دانشگاه آزاد اسلامي براي انجام مأموريتهاي محوله تشكيل مي‌شود. نحوه تشكيل، تركيب اعضاء و شرح وظايف اين هيأتها، توسط هيأت امناء مركزي دانشگاه تهيه و به تصويب شوراي عالي انقلاب فرهنگي خواهد رسيد.