ماده 21 ـ
وظائف مرجع نظارتي فرا استاني و ملي در مورد سازمانهاي غيردولتي عبارت است از:
الف ـ نظارت و بررسي مشکلات سازمانهاي مذکور و راههاي توانمندسازي آنان و نيز چگونگي بهرمندي اين سازمانها از اعتبارات بين‌المللي در چارچوب قوانين و مقررات ؛
ب ـ بررسي و اعلام نظر در خصوص در خواست «سازمان» براي کسب مقام مشورتي از شوراي اقتصادي اجتماعي سازمان ملل (اکوسک) و نيز پاسخگوئي به استعلامات سازمانهاي بين‌المللي در همين زمينه، جهت انعکاس آن به مراجع ذي‌ربط خارجي از طريق وزارت امورخارجه؛
پ ـ رسيدگي و اعلام نظر و اخذ تصميم نسبت به شکايات واصله از متقاضيان در خصوص تأخير يا رد صدور پروانه فعاليت و ساير شکايات و اختلافات ميان سازمانهاي غير دولتي با استانداريها و فرمانداريها؛
ت ـ برسي تقاضا و صدور مجوز براي سازمانهاي غيردولتي با محدوده جغرافيائي فعاليت فرا استاني و ملي و دريافت گزارشهاي عملکرد اجرائي و مالي سالانه و در صورت لزوم موارد مقطعي آنها؛
ث ـ نظارت بر حسن اجراي مقررات اين آئين نامه؛
ج ـ رسيدگي به عملکرد «سازمان» در خصوص عدم رعايت مقررات اين آئين‌نامه .
