وظايف سازمان در چارچوب وظايف حاكميتي قانون حفاظت و بهرهبرداري از منابع آبزي جمهوري اسلامي ايران ـ مصوب 1374ـ و در چهارچوب اهداف مذكور در ماده (4) اين اساسنامه با پيشنهاد وزارت جهاد كشاورزي به تاييد سازمان مديريت و برنامهريزي كشور ميرسد.
