ماده 17ـ

ساختار سازماني دانشگاه به شرح زير است:
1ـ فرمانده دانشگاه (وستاد شخصي وي)
2ـ معاونتهاي آموزشي، پژوهشي، اداري مالي، دانشجوئي، طرح و برنامه و بودجه و تحصيلات تکميلي و دفتر مهندسي.
3ـ دانشکده‌هاي افسري به شرح زير:
1ـ3ـ دانشکده علوم پايه نظامي
2ـ3ـ دانشکده علوم
3ـ3ـ دانشکده علوم انساني و اداري.
4ـ3ـ دانشکده فني و مهندسي.
5ـ3ـ پژوهشکده‌هاي علوم، علوم انساني، فني و مهندسي، علوم دفاعي (4 پژوهشکده).
تبصر 1ـ هر دانشکده و پژوهشکده داراي تعدادي گروه آموزش و پژوهشي ميباشد که تعداد و رشته‌هاي آن در ساختار دانشگاه تعيين و به تصويب فرماندهي معظم کل قوا خواهد رسيد.
تبصره 2 ـ دانشکده‎هاي علوم و فنون نيروهاي پنجگانه سپاه از لحاظ علمي وابسته به دانشگاه امام حسين (ع) و در تابعيت نيروهاي مربوط مي‎باشند. دستورالعمل روابط بين دانشگاه امام حسين (ع) و دانشکده‎هاي علوم و فنون نيروها توسط ستاد مشترک سپاه با همکاري نيروها و دانشگاه تهيه و به تصويب فرمانده کل سپاه خواهد رسيد.