ماده 13ـ
وظايف و اختيارات فرمانده دانشگاه به شرح زير است:
1ـ تهيه و پيشنهاد اهداف، سياستها، خط مشيهاي لازم و برنامه‌هاي بلند مدت، ميان مدت و کوتاه مدت دانشگاه و ارائه به ستاد مشترک سپاه.
2ـ اداره امور آموزشي، پژوهشي، دانشجوئي، اداري، مالي، عمراني و خدمات علمي و کليه ارتباطات داخلي و بين‌المللي (علمي پژوهشي) دانشگاه و هماهنگي واحدهاي مختلف و درچهار چوب مصوبات و ابلاغيات.
3ـ اجراي مصوبات، آئين‌نامه‌ها و بخشنامه‌هاي ابلاغي از سوي مراجع ذيصلاح.
4ـ تعيين برنامه‌هاي اجرائي دانشگاه در قالب خط مشي و سياستهاي علمي، آموزشي و پژوهشي مصوب و تقسيم اعتبارات بر مبناي بودجه مصوب.
5ـ مسئوليت امور مالي و اداري دانشگاه در حدود ضوابط مصوب هيأت امناء
6ـ ارائه گزارش وضعيت و عملکرد نوبهي دانشگاه به‌هيأت امناء و گزارشهاي در خواستي به فرمانده کل سپاه و ستاد مشترک سپاه.
7ـ پيشنهاد نصب و عزل مسئولين دانشگاه مطابق دستورالعمل انتصابات سپاه به فرمانده کل سپاه و نصب و عزل ساير مسئولين (در قالب دستورالعمل انتصابات)
8ـ ارائه پيشنهاد تأسيس، توسعه، انجلال و ادغام واحدها.
9ـ نمايندگي حقوقي دانشگاه نزد مراجع ذيصلاح.
10ـ اعمال آئيننامه انظباطي و ساير مقررات انظباطي مصوب در مورد پرسنل، اساتيد نظامي و دانشجويان دانشگاه.
11ـ همکاري با دفتر نمايندگي ولي فقيه و حفاظت اطلاعات دانشگاه و پشتيباني عمومي از آنان به منظور حسن اجراي وظائف آنان
