سرمايه اوليه صندوق نوآوري و شكوفايي به ميزان سيهزار ميليارد (000/000/000/000/30) ريال به تدريج حداكثر ظرف سه سال از محل صندوق توسعه ملي يا حساب ذخيره ارزي تأمين ميگردد.
