دبيرخانه شوراي عالي زير نظر دبير شورا است كه علاوه بر نقش اداري، پشتيباني، علمي و پژوهشي، نظارت و ارزيابي و هماهنگي و پيگيري اجرايي شدن مصوبات شورا را نيز بر عهده دارد.