دبيرخانه شوراي پژوهشهاي علمي داراي دفتر و اعتبارات مستقل است و زير نظر رييس شورا اداره ميشود. دبير شورا به پيشنهاد وزير فرهنگو آموزش عالي و تأييد رييس شورا انتخاب ميشود.
