وظايف شورا عبارت است از:1ـ سياستگذاري کلان در امر مبارزه با ايدز.2ـ تعيين خط مشي دستگاههاي اجرايي و نهادهاي ذي ربط و ايجاد هماهنگي بين آنها.3ـ حمايت همه جانبه در جهت پيشبرد اهداف و فعاليتهاي مختلف برنامه پيشگيري و کنترل عفونت HIV و ايدز.
