ماده 39 ـ
دادگاه ويژه به جرائمي رسيدگي ميكند كه مطابق اين قانون در صلاحيت دادسرا و دادگاه ويژه بوده و پرونده امر از طريق دادسرا به همراه كيفرخواست به دادگاه ارائه شده باشد.
ماده 40ـ
ارجاع پرونده به شعب دادگاه و ايجاد هماهنگي بين آنها و نظارت بر حسن جريان امور به عهده حاكم شرع شعبه اول خواهد بود.
ماده 41ـ
در صورت اختلاف بين دادسرا و دادگاه از جهت صلاحيت رسيدگي، پرونده همراه دلائل طرفين جهت حل اختلاف نزد رياست شعبه اول دادگاه ارجاع خواهد شد، نظر آن مرجع لازمالاتباع است.
ماده 42 (اصلاحي 2/9/1384)ـ
احكام دادگاه بايد مستدل و مستند به قوانين موضوعه و موازين شرع باشد.
ماده43 (اصلاحي 2/9/1384)ـ
دادگاه مجرميني را كه با ارتکاب جرم، موجب هتک حيثيت و شؤون روحانيت گرديدهاند و يا افرادي که فاقد صلاحيت پوشيدن لباس روحانيت هستند را به خلع لباس روحانيت (به صورت دائم يا موقت) محكوم مينمايد.
ماده 44 (اصلاحي 2/9/1384)ـ
اعضاء هيأت منصفه دادگاه ويژه روحانيت 14 نفر خواهند بود و توسط هيأتي مرکب از دادستان کل ويژه روحانيت، رئيس شعبه اول دادگاه، رئيس سازمان تبليغات اسلامي، نماينده شوراي سياستگذاري ائمه جمعه سراسر کشور، نماينده شورايعالي حوزه علميه، از ميان افراد روحاني شاغل در مشاغل فرهنگي، حوزوي، دانشگاهي، قضائي، اداري و ساير مشاغل مرتبط به مدت دو سال انتخاب ميگردند، احکام ايشان توسط رئيس شعبه اول دادگاه صادر خواهد شد.
ماده 45ـ
كليه هزينههاي دادستاني ويژه روحانيت به عنوان يك سازمان مستقل داراي رديف بودجه خاص پيشبيني و اختصاص داده ميشود.
ماده 46ـ
قوه قضائيه كادر قضائي دادستاني ويژه را تأمين خواهد نمود.
ماده 47ـ
نقل و انتقال قضات دادسرا و دادگاه ويژه كه در دادگستري نيز شاغل ميباشند با هماهنگي دادستان منصوب و رئيس شعبه اول دادگاه بر حسب سمت صورت ميگيرد.
ماده48 (الحاقي ـ
2/9/1384) ـ احكام دادگاههاي ويژه روحانيت از سوي محكومعليه يا شاكي يا قائم مقام قانوني آنان قابل اعتراض است و در صورت عدم اعتراض در فرجه قانوني قطعي خواهد شد.
ماده49 (الحاقي 2/9/1384) ـ
دادگاه تجديدنظر ويژه روحانيت مرجع رسيدگي به اعتراض است كه پس از وصول پرونده و رسيدگي به شرح زير اقدام مينمايد.
الف ـ در صورتي كه رأي را صحيح و منطبق با موازين شرع و قانون بداند آن را ابرام ميكند.
ب ـ در صورتي كه اساس رأي صحيح بوده ولي متضمن اشتباه جزئي در محاسبه محكومٌبه يا ماده استنادي و امثال آن باشد رأي اصلاحي صادر مينمايد.
ج ـ در صورتي كه رأي صادره داراي ايراد ناشي از نقص تحقيقات باشد، دادگاه تجديدنظر موارد نقص را مشخص نموده و رأي صادره را نقض و پرونده را جهت رفع نقص به دادگاه بدوي رسيدگيكننده اعاده مينمايد. شعبه مزبور مكلف است پس از رفع نقص، حكم مقتضي صادر نمايد.
د ـ در صورتيكه رأي صادره داراي ايراد اساسي باشد آن را نقض نموده و رأساً رسيدگي و انشاء رأي مينمايد. آراء صادره از محاكم تجديدنظر قطعي است.
ماده 50 (الحاقي 2/9/1384) ـ
هر شعبه از دادگاه تجديدنظر ويژه روحانيت از يك رئيس و دو مستشار تشكيل و با اكثريت آراء اتخاذ تصميم مينمايد، رئيس محاكم ويژه روحانيت كه منصوب از طرف مقام معظم رهبري است رئيس شعبه اول دادگاه تجديدنظر نيز ميباشد، تعيين تعداد شعب و قضات آن و ارجاع پرونده به آنان بر طبق اين آييننامه خواهد بود.
ماده 51 (الحاقي 2/9/1384) ـ
محكومٌعليه يا قائم مقام قانوني وي و دادستان كل ويژه روحانيت، مطابق قوانين مربوطه مجاز به تقاضاي اعاده دادرسي در خصوص احكام قطعي دادگاههاي ويژه روحانيت ميباشند مرجع رسيدگي به تقاضاي اعاده دادرسي و اتخاذ تصميم در مورد آن، دادگاه تجديدنظر ويژه روحانيت ميباشد دادستان منصوب يا نماينده وي ميتواند در جلسه رسيدگي حضور يابد و نسبت به موضوع اظهارنظر كند.
ماده52 (الحاقي 2/9/1384) ـ
به جز در موارديكه در اين قانون تصريح شده است، وظائف و اختيارات قضات دادسرا و دادگاه بر حسب مورد بر طبق مقررات عمومي آيين دادرسي كيفري ميباشد.