وظائف و اختيارات سازمان به شرح زير ميباشد:
الف ـ بازرسي و نظارت مستمر كليه وزارتخانهها و ادارات و امور اداري و مالي دادگستري, سازمانها و دستگاههاي تابعه قوه قضائيه و نيروهاي نظامي و انتظامي و مؤسسات و شركتهاي دولتي و شهرداريها و مؤسسات وابسته به آنها و دفاتر اسناد رسمي و مؤسسات عامالمنفعه و نهادهاي انقلابي و سازمانهايي كه تمام يا قسمتي از سرمايه يا سهام آنان متعلق به دولت است يا دولت بهنحوي از انحاء برآنها نظارت يا كمك مينمايد و كليه سازمانهايي كه شمول اين قانون نسبت به آنها مستلزم ذكر نام آنها است بر اساس برنامه منظم.( )
بند ب (اصلاحي 7/5/1375 و 17/4/1387)ـ انجام بازرسيهاي فوقالعاده حسبالامر مقام معظم رهبري و يا به دستور رئيس قوهقضائيه و يا درخواست رئيسجمهور و يا كميسيون اصل (90) قانون اساسي مجلس شوراي اسلامي و يا بنا به تقاضاي وزير يا مسؤول دستگاههاي اجرائي ذيربط و يا هر موردي كه به نظر رئيس سازمان ضروري تشخيص داده شود.( )
بند ج (اصلاحي 7/5/1375 و 17/4/1387) ـ اعلام موارد تخلف و نارساييها و سوء جريانات اداري و مالي درخصوص وزارتخانهها و نهادهاي انقلاب اسلامي و بنيادها به رئيسجمهور و درخصوص مؤسسات و شركتهاي دولتي و وابسته به دولت به وزير ذيربط و در مورد شهرداريها و مؤسسات وابسته به وزير كشور و درخصوص مؤسسات غيردولتي كمكبگير از دولت به وزير ذيربط و درخصوص سوء جريانات اداري و مالي مراجع قضائي و واحدهاي تابعه دادگستري به رئيس قوهقضائيه و در موارد ارجاعي كميسيون اصل (90) قانون اساسي نتيجه بازرسي به آن كميسيون اعلام خواهد شد.( )
بند د (الحاقي 7/5/1375 و اصلاحي 17/4/1387) ـ در مواردي كه گزارش بازرسي متضمن اعلام وقوع جرمي است, چنانچه جرم داراي حيثيت عمومي باشد, رئيس سازمان يا مقامات مأذون از طرف وي يك نسخه از گزارش را با دلائل و مدارك مربوط براي تعقيب و مجازات مرتكب به مرجع صالح قضائي ارسال و موضوع را تا حصول نتيجه نهايي پيگيري نمايند و در مورد تخلفات اداري, انضباطي و انتظامي مستقيماً مراتب را به مراجع ذيربط منعكس نموده و پيگيري لازم را به عمل آورند. مراجع رسيدگيكننده مكلفند وقت رسيدگي و جهت حضور را به اطلاع سازمان بازرسي كل كشور برسانند. ( )
تبصره 1 (الحاقي 17/4/1387) ـ
در مورد جرائم منتهي به ورود خسارت به اموال دولتي و حقوق عمومي و تضييع آنها دادستان ضمن تعقيب كيفري متهم يا متهمان در دادگاه صالح در صورت احراز ورود خسارت و ضرر و زيان, رأساً جبران آن را بدون پرداخت هزينه دادرسي از دادگاه درخواست مينمايد.
دستگاههاي ذيربط موظف به همكاري با دادستان در جمعآوري دلائل و مدارك و پيگيري موضوع ميباشند.
تبصره 2 (اصلاحي 7/5/1375)ـ
گزارشهاي بازرسي در ارتباط با آييننامه و تصويبنامه و بخشنامه و دستورالعملهاي صادره و شكايات اشخاص حقيقي و حقوقي غيردولتي كه حاكي از تشخيص تخلف در موارد فوقالذكر باشد جهت رسيدگي و صدور رأي به ديوان عدالت اداري ارسال ميگردد. رسيدگي به اينگونه موارد بهطور فوقالعاده و خارج از نوبت خواهدبود.
بند ه (الحاقي 17/4/1387)ـ
در مواردي كه گزارش بازرسي متضمن اعلام تخلف اداري مديران كل ادارات و مقامات بالاتر تا سطح وزراء و همطراز آنان باشد سازمان بازرسي كل كشور موضوع را جهت رسيدگي به هيأت تخلفات اداري نهاد رياست جمهوري منعكس و تا حصول نتيجه پيگيري خواهدنمود.
تبصره (الحاقي 17/4/1387)ـ
رسيدگي به تخلفات مقامات و كاركنان قواي قضائيه و مقننه و نيروهاي مسلح, شوراي نگهبان و دستگاههاي زير نظر مقام معظم رهبري از شمول اين ماده مستثني است.